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企业应该向原发证机关申请注销医疗器械三类经营许可证，并提供以下材料：
1. 注销申请表；
2. 医疗器械三类经营许可证原件及复印件；
3. 企业注销的相关证明材料（如解散或撤销企业的决定或者申请文件）。
提交完以上材料后，原发证机关会进行审核，并在符合条件的情况下批准申请。
接下来，在经过批准后，申请人应前往原发证机关进行注销手续，并缴纳相关费用。企业注销后，原证件作废，以后不得再使用。
需要注意的是，医疗器械三类经营许可证的注销仅适用于企业已经停止相关经营活动或解散的情况。如果企业只是需转让或继续经营医疗器械业务，应该进行其他手续。
